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自噬基因在颅内动脉瘤破裂中的生物信息分析
胡慧宇, 孙新刚
目的 通过生物信息分析方法,探讨自噬在颅内动脉瘤(Intracranial aneurysm,IA)破裂中的潜在作用。
方法 对基因表达芯片数据进行差异性分析,得到的差异表达基因(Differential Expression Genes,DEGs)与自噬基因取交集后采用基因本体(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析及蛋白相作网络(Protein-protein interaction,PPI)构建的方法,探讨基因富集的生物学功能,鉴定关键基因。对数据集进行免疫浸润分析,并分析关键基因与免疫细胞浸润的相关性。
结果 共筛选出17个IA破裂中差异表达的自噬相关基因,主要富集于自噬(动物),雌激素信号通路,坏死性凋亡等信号通路。70KDA热休克蛋白8(Heat shock 70?kDa protein 8,HSPA8),90KDA热休克蛋白AB1(Heat shock protein 90 kDA alpha,class B,member 1,HSP90AB1),磷酸酶张力蛋白同源物(Phosphatase And Tensin Homolog,PTEN),PTEN诱导激酶1(PTEN-induced putative kinase 1,PINK1)及溶酶体关联膜蛋白2(Lysosomal Associated Membrane Protein 2,LAMP2)是IA破裂自噬相关的关键基因,与免疫细胞的浸润情况密切相关。
结论 本研究发现HSPA8,HSP90AB1,PINK1,PTEN及LAMP2通过自噬影响IA破裂,为自噬影响IA破裂的具体机制研究提供了新思路。
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